Con el tiempo se ganó la confianza y admiración de sus empleadores, quienes le asignaron una nueva misión: a partir de 1489, Vespucio se desempeñó como auditor y administrador a cargo de una agencia bancaria de los Médici en Sevilla, cuyas cuentas hasta ese entonces habían sido manejadas de forma poco clara. La península Ibérica era en esta época un próspero centro mercantil y aseguraba grandes oportunidades de negocios. La incorporación a Castilla del reino de Granada era inminente: ya habían caído Málaga y Córdoba; la toma de Granada no parecía lejana. El trono estaba bajo el firme mando del rey Fernando II de Aragón y su esposa, Isabel I de Castilla. Siguiendo instrucciones de Pierfrancesco, investigó los antecedentes financieros de otro florentino: Juanoto Berardi, proveedor de esclavos y aprestos navieros, con quien luego entró en sociedad comercial y de quien se hizo amigo. La sociedad duró hasta la muerte de este último en diciembre de 1495. El negocio estaba relacionado con el armado y aprovisionamiento de barcos, una actividad que había crecido considerablemente a lo largo del siglo XV luego de que se localizara en Guinea la llamada Mina de Oro. La flamante empresa de los italianos participó como subcontratista en los preparativos de todos los viajes de Cristóbal Colón al Nuevo Mundo. Berardi, apoderado del genovés, contribuyó al financiamiento del primero de ellos y por su intermedio Vespucio y el Almirante entablaron una perdurable amistad. Con el auge de las expediciones a las Indias, la empresa de los florentinos se vio beneficiada hasta el punto en que requirió una dedicación casi total de Vespucio y las labores a las órdenes de Pierfrancesco tuvieron que ser asignadas a otros.Tras la muerte de Berardi, Vespucio se convirtió en su ejecutor testamentario y tomó las riendas de los negocios. Actuando como su albacea pudo disponer de los bienes necesarios para organizar una expedición a las Indias. En efecto, ganó mucho dinero que utilizó en parte para mantener a varios miembros de la familia, caídos en desgracia. En sus labores como banquero y como proveedor de bagajes navieros también había acumulado gran cantidad de contactos de personas de influencia y había complementado sus conocimientos teóricos de navegación con algo más cercano a la práctica. A mediados de 1496 Colón regresó de su segundo viaje. En una reunión con Vespucio, ambos conversaron sobre los nuevos descubrimientos; Américo parece haber sido escéptico sobre las afirmaciones del Almirante, que sostenía haber alcanzado el extremo oriental de Asia. La entrevista incrementó en Vespucio la curiosidad por el enigmático territorio y tuvo entonces la determinación de que, a pesar de su edad (tenía ya 40 años), realizaría un viaje a las tierras para investigarlas por sí mismo. Reunía en efecto muchas condiciones para ser un marino exitoso: las conexiones políticas, la tradición familiar de comerciante y negociador, la inclinación por las matemáticas, el conocimiento geográfico y astronómico.
Realizó una o dos expediciones bajo las órdenes del rey Fernando. Su segundo viaje, entre 1499 y 1500, pudo ser un encargo de la Corona para verificar las afirmaciones de Colón sobre sus hallazgos y está relativamente bien documentado. El primero, entre 1497 y 1498-99, es mucho más dudoso y sus circunstancias son altamente cuestionables
